MEGA 2560 R3 verwendet jetzt einen ATMega16U2 anstelle des ATMega8U2-Chips. Dies ermöglicht schnellere Übertragungsraten und mehr Speicher.

Für Linux oder Mac sind keine Treiber erforderlich (inf-Datei für Windows ist erforderlich und in der Arduino IDE enthalten), und die UNO kann als Tastatur, Maus, Joystick usw. angezeigt werden.

Der MEGA2560 R3 fügt neben dem AREF auch SDA- und SCL-Pins hinzu. Zusätzlich befinden sich zwei neue Pins in der Nähe des RESET-Pins.

Der MEGA2560 R3 funktioniert mit allen vorhandenen Abschirmungen, kann sich jedoch an neue Abschirmungen anpassen, die diese zusätzlichen Stifte verwenden.